Durante l'era dei dispositivi Nintendo DS, l'azienda decise di interrompere le vendite su Amazon. A rivelarlo è stato Reggie Fils-Aimé, ex presidente di Nintendo of America, durante una recente conferenza all'Università di New York (NYU). Secondo Fils-Aimé, la decisione fu presa perché Amazon chiedeva trattamenti di favore che avrebbero danneggiato i rapporti con altri rivenditori e, potenzialmente, violato la legge.
Le due società hanno poi trovato un accordo: oggi è possibile acquistare una Nintendo Switch 2 direttamente su Amazon. Tuttavia, per molti anni, le console Nintendo sono state quasi del tutto assenti dal sito di e-commerce. Negli anni 2000, Amazon stava espandendo aggressivamente la sua presenza oltre il settore dei libri, cercando di offrire prezzi più bassi rispetto alla concorrenza. Secondo Fils-Aimé, l'obiettivo di Amazon era addirittura quello di superare Walmart sotto il profilo dei prezzi.