Jeep Wagoneer stod i 1984 ved et skillevej. AMC, som ejede Jeep på det tidspunkt, havde planer om at erstatte den gamle SJ-model med den nye XJ Cherokee-baserede Wagoneer. Strategien virkede for Cherokee, men Wagoneer-modellen blev aldrig en salgssucces. Salget nåede aldrig op på 25.000 enheder om året, og interessen dalede hurtigt.
I mellemtiden fortsatte den gamle, men profitable Grand Wagoneer i produktion. Ved lanceringen af XJ Wagoneer blev SJ-modellens udvalg reduceret fra to til én trim. Brougham-modellen blev taget af markedet, og Wagoneer Limited blev omdøbt til Grand Wagoneer. Midt i 1984 blev linjen midlertidigt udvidet med en Wagoneer Custom – en kortlivet og minimalistisk udgave af modellen.
Wagoneer Custom var endnu mere basalt end tidligere. Den manglede træpaneler på ydersiden, havde stålfælge med dækkapper og var udstyret med firehjulstræk i deltid frem for Selec-Trac-systemet. Prisen var på $15.995 (svarende til $51.832 justeret for inflation), hvilket var omkring $3.000 billigere end Grand Wagoneer. Alligevel var interessen minimal, og modellen blev taget af markedet efter blot få måneder.
Wagoneer Custom er i dag en sjælden og visuelt markant variant. Den bar Wagoneers nye frontdesign, men manglede træpaneler og skriftlogoer. Med de basale dækkapper afslørede bilens alderdommelige linjer fra 1960'erne. En sort trimstrimmel langs siden forsøgte at skjule den simple karrosseridesign. Interiøret var ligeledes sparsomt udstyret. Dørpanelerne havde minimal polstring og tæppe, og vinduer samt sæder var manuelt betjente. Sæderne var af en enklere model end Grand Wagoneers, med stofbetræk (ofte i houndstooth-mønster) i stedet for læder.
Efter det halvårige eksperiment med Custom-trimmen blev den taget af markedet, og Grand Wagoneer fortsatte alene i 1985. Året bød på opdateringer til køreegenskaberne, herunder ændringer i stabilisatorstangen foran samt redesignede støddæmpere og bagakselsfjedre.
I 1986 fik SJ Grand Wagoneer sin sidste visuelle opdatering. Fronten blev redesignet med en flad, horisontal kølergrill bestående af tre rektangulære, horisontale kromsektioner med tynde horisontale lameller imellem.